企業按要求填寫《高新技術企業認定申請書》，通過網絡系統提交至認定機構，并向認定機構提交下列書面材料：
(一)《高新技術企業認定申請書》(在線打印并簽名、加蓋企業公章)；
(二)企業依法成立的《營業執照》等相關注冊登記證件的復印件；
(三)知識產權相關材料(知識產權證書及反映技術水平的相關材料、參與制定標準情況等)、科研項目立項相關材料(已驗收或結題項目需附驗收或結題報告)、科技成果轉化(總體情況與轉化形式、應用成效的逐項說明)、研究開發組織管理(總體情況與四項指標符合情況的具體說明)等相關材料；
(四)企業高新技術產品(服務)的關鍵技術和技術指標的具體說明，相關的生產批文、認證認可和資質證書、產品質量檢驗報告等材料；
(五)企業職工和科技人員情況說明材料，包括在職、兼職和臨時聘用人員人數、人員學歷結構、科技人員名單及其工作崗位等；
(六)經具有資質并符合《高新技術企業認定管理工作指引》相關條件的中介機構出具的企業近三個會計年度(實際年限不足三年的按實際經營年限，下同)研究開發費用、近一個會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料；
(七)經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書)；
(八)近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表(包括主表及附表)。
對涉密企業，須將申請認定高新技術企業的申報材料做脫密處理，確保相關信息安全。
知識產權軟指標
知識產權 – 30分
a) 技術的先進程度（8分）
技術的先進程度是一個相對比較主觀的打分項，主要通過企業提交的知識產權類型與內容，高新申請表中RD表（企業研究開發活動情況表）中的核心技術及創新點描述來呈現，因此企業在準備RD表時，可以盡可能多的使用量化指標體現技術的先進性。
b)對主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用（8分）
知識產權對主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用同樣是一個比較主觀的打分項，主要通過PS表（上年度高新技術產品（服務）情況表）中“知識產權獲得情況及其對產品（服務）在技術上發揮的支持作用“來展現，因此可以重點突出知識產權核心技術與主營業務真實的關聯性。
c)知識產權數量（8分）
知識產權的數量與質量會影響高新技術企業的評分，其中Ⅰ類知識產權（例如發明專利等）分數會優于Ⅱ類（例如實用新型、外觀專利、軟著等），Ⅰ類知識產權可以重復使用，Ⅱ類知識產權在申請高新技術企業時，僅限使用一次。
d)知識產權獲得方式（6分）
通過自主研發（1-6分）獲得的知識產權得分高于通過受讓、贈予和并購（1-3分）獲取的。
科技成果轉化能力 – 30分
科技成果是指通過科學研究與技術開發所產生的具有實用價值的成果（專利、版權、集成電路布圖設計等）。科技成果轉化是指為提高生產力水平而對科技成果進行的后續試驗、開發、應用、推廣直至形成新產品、新工藝、新材料，發展新產業等活動。
企業通過研發獲得專利，但是獲得的專利并不一定會為企業帶來經濟利益的流入，因此該項考察的主要是企業通過研發獲得的成果是否能夠有效轉化形成產品。
該項合計30分，根據近3年內科技成果轉化的年平均數以此進行評分：≥5項（25-30分）；≥4項（19-24分）；≥3項（13-18分）；≥2項（7-12分）；≥1項（1-6分）；0項（0分）；此外，關于科技成果轉化能力的文字性描述主要體現在“企業創新能力表“中，企業需要直觀的向評委展現企業科技成果轉化的能力。同時，企業需準備好轉化證明資料，盡可能的豐富，包括與某項成果轉化相關的合同、發票、設計圖紙、設計方案、說明書、操作手冊、技術訣竅、檢測報告、檢驗報告、查新報告等
研究開發組織管理水平 – 20分
a)制定了企業研究開發的組織管理制度，建立了研發投入核算體系，編制了研發費用輔助賬（6分）
此處包括了制定完善的研究開發組織管理制度、建立規范的研發投入核算體系以及編制研發費用輔助賬三項內容。
b)設立了內部科學技術研究開發機構并具備相應的科研條件，與國內外研究開發機構開展多種形式產學研合作（6分）
此處主要包括兩點，一是企業內部設立專門的研發機構并滿足一定的標準（必要時可以申請外部第三方認證），一是與國內外研究機構（例如高校）開展產學研合作，需要提供相應的合作協議以及發票（合作期限需要在申請周期之內）。
c)建立了科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創新創業平臺（4分）
除去企業需要就科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵形成制度文件之外，企業可以通過建立內部或外部平臺鼓勵創新。
d)建立了科技人員的培養進修、職工技能培訓、優秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度（4分）。
企業成長性 – 20分
a)凈資產增長率
b)銷售收入增長率


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